生物多样性热点是一些具有显著生物多样性的地区，但同时正受到来自人类的严重威胁。这概念最初来自诺曼迈尔斯（英语：Norman Myers）的“环保主义”(1988 & 1990）和“热点：地球的生物最富有和最濒危陆地生态区”。要成为一个生物多样性热点，一个地区必须满足两个严格的要求：它必须包含至少0.5%或1500种独特的维管植物，并且它至少已经失去了70%的原生植被。世界上至少有25个地区符合这一定义，还有9个其他候选地区。这些热点地区存活了世界上近60%的植物、鸟类、哺乳动物、爬行动物和两栖动物，特有物种的比例非常高。但是这些地区正日益受到威胁，特别是在以下十个地区。
马达加斯加和印度洋岛屿
由于板块构造的作用，马达加斯加与非洲大陆分离了很长一段时间，导致了许多独特生物物种的进化，比如有种小嘴狐猴。遗憾的是，只有10%的物种能存活下来。快速增长的人口和农业，还有不可持续发展对当地的环境构成了极大的威胁。
非洲东部山地
这些山脉散落在非洲大陆的东缘，北至沙特阿拉伯，南至津巴布韦。虽然地理位置遥远，但这个热点地区山区的植被组成非常相似。阿尔伯丁裂谷特有的哺乳动物、鸟类和两栖动物比非洲其他地区多。这个巨大的湖泊盛产淡水鱼，其中617种是特有的。该地区面临的最大威胁包括大规模的农业和日益增长的野味需求。
加州植物区
受威胁的林区不仅限于发展中国家。美国等发达国家也面临着同样的问题：加州只有10%的植物区系保持原始状态。这是沿海红杉和山地红杉的理想家园。它也是北美洲最濒危鸟类加州秃鹰的家园，但一些物种，如灰熊，已经消失。对森林的威胁主要来自人口和城市扩张。
东非海岸森林
坦桑尼亚桑给巴尔岛，一只桑给巴尔红疣猴在森林里上下跳跃。东非沿岸的森林不仅保持了该地区的生物多样性，还为三个物种提供了家园，即塔纳河红疣猴、塔纳河白眉猴和桑给巴尔红疣猴，其中加起来不到1500只。土壤贫瘠和农业开垦导致森林面积急剧减少。
大西洋森林
该地区包括巴西大西洋沿岸以及阿根廷、巴拉圭和乌拉圭的部分地区。在这里生长的20000种植物中，大约40%是该地区特有的，还有几十种严重濒危的动物，包括金狮猫鼬。由于种植甘蔗和咖啡等作物，该地区现在只剩下不到10%的森林。
菲律宾
菲律宾7000多个岛屿的森林面积现在只剩下7%左右，而且仍然支离破碎。这里的生物多样性非常丰富，也有一些“奇怪”的物种，包括世界体型第二大的鹰和豹纹飞蛙。然而，由于森林采伐和农业用地的不断扩张，这一热点地区已成为生物多样性最受威胁的地区之一。
中国西南山区
这里以大熊猫而闻名，也生活着些鲜为人知的哺乳动物，又名小熊猫。目前，这个地区只有约8%的森林保持原状。农业用地的占用、道路工程和水坝的修建导致森林面积和物种的减少。
印度－缅甸地区
印缅地区已成为世界上森林生物多样性最受威胁的热点地区之一。这里曾经是世界上一些最大的淡水鱼的栖息地，还有无数的鸟类和海龟，但现在只剩下5%的森林面积，大量的沼泽和湿地变成了水田，红树林变成了养虾场。
桑达兰地区
桑达兰是东南亚的一个生物地理区域，包括马来半岛、婆罗洲、爪哇岛、苏门答腊岛及其周边岛屿，共约17000个。当地特有的猩猩、犀牛、老虎、海龟、猴子等，出现在大量的野生动物市场。这个地区只剩下约7%的原始森林。大部分森林已被改造成橡胶和其他产品的种植园。
新喀里多尼亚群岛
新喀里多尼亚位于南太平洋，那里有5种特有植物，其中包括世界上唯一的寄生针叶树。镍矿开采、森林砍伐和入侵物种是对当地森林生物多样性的三大威胁