在原子理论的发展过程中，有着丰富的经验教训。
在古代，人们仰望太阳、月亮、星星、奇异的山峰和悬崖；看着长长的河流、沙子、石头、植物和树木，有时我禁不住要问这样一个问题：宇宙的组成成分是什么？它是如何形成的？
自然界不断变化的事物为人们提供了许多发人深省的现象。例如，从远处看，一堆沙子似乎是一个连续的整体，但实际上它是由无数小沙粒组成的；天空中的银河系乍一看就像一条白色的带子。然而，它是由大量的恒星组成的……这些现象很容易提醒人们，所有大的东西都是由小粒子组成的。
早在2000年前的春秋战国时期，墨子就提出了类似“原子”的说法。当时，他与庄子发生了激烈的争论。庄子说如果有一尺长的木棍，我今天就把它分成两段，明天再把半段分成两段，后天再把半段分成两段……以此类推，这样，这根棍子可以无限地分割下去。墨子不同意庄子的观点。墨子说不可能无限期地分割。折到后来一定会遇到“尽头”（墨子称之为“端”），在那个时候，它不能再分割了“端”是最小的不能再分裂的粒子。
在墨子之后，古希腊有一位著名的哲学家，名叫德谟克利特。和墨子一样，他认为物体不可能无限分割。最后，他将遇到一个不可分割的最小单位。这个最小单位称为“不可分割者”。
这些论据在中国已经被翻译成“莫破尘”和“原子”。因此，墨子的“端”和德谟克利特的“原子”都包含“不可分割者”的含义。德谟克利特的继任者，古罗马的卢修斯，在一本名为《生物理论》的书中再次表达了德谟克利特的原子观。以德谟克利特为首的古代原子理论认为，原子是客观存在的，是不可分割的，是永远运动的。
德谟克利特的“简单唯物主义原子论”只是当时历史条件下的一种猜测，但由于它从唯物主义的角度解释世界，遭到唯心主义和宗教势力的强烈反对。
然而，古老的原子理论并没有被唯物主义的黑风和邪恶浪潮所吞噬，而是一直流传下来。
十七世纪中旬，随着时代的进步和科学的发展，原子理论得到了新生和重新激活。1803年，英国科学家道尔顿用原子理论解释了固定比率定律，提出了“双比率定律”，并测量了某些元素的原子量。从那时起，原子理论已经从一个古老的猜测转变为科学理论，结束了化学史上愚蠢的炼金术时代。
原子理论认为物质是由原子组成的；原子是不能再细分的最小粒子；同一原子的重量和大小相同；所有的原子都在不断地运动。原子理论的建立和发展无疑促进了当时科学的发展。人们用这个理论来解释许多过去无法解释的物理和化学现象。到19世纪，原子理论占主导地位。
然而，科学实验只证明物质是由原子组成的，而不是证明原子是“不可分离”的最小粒子。当时，许多科学家并不了解这一点。他们认为原子“不可分割”的观点是“黄金法则”。因此，原子是构成整个世界的“最小的砖块”已成为不争的信念。
由于原子理论取得了一定的成就，许多科学家陶醉在一种完美和谐的氛围中。他们认为，由于原子是构成整个世界的“最小的砖块”，当人们理解原子及其运动规律时，真理将被耗尽，“终极理论”已经形成。科学家们似乎除了修补现有的理论之外别无选择。正如普朗克的老师菲利普·罗里所说，“事实上，科学已经达到了顶峰，研究它没有什么意义。这座大楼已经建成了。如果有任何缺陷，可以通过一些枯燥的装饰工作来消除。”如果他说的不是他自己的观点，那么当时大多数科学家都是这样做的。
然而，就在这些科学家举杯庆祝"终极理论"建设完成，举手欢呼科学登峰造极之际，一系列新的科学发现打破了"终极理论"的梦想，在人们面前展现了一个新的世界。
1895年，德国科学家伦琴发现了一种新型的不可见射线，称为X射线，因为当时他不知道它是哪种射线。X射线穿透能力强，能穿透木材、果肉等材料；1896年，法国科学家贝克勒尔发现了一种新的射线，即铀化合物发出的射线，称为贝克勒尔射线；https://www.bachemiao.com/
1897年，英国物理学家汤姆森发现了电子；1898年，居里夫妇发现了镭。镭具有很强的放射性，其放射性是铀的数百万倍。通过研究发现，镭辐射有三种不同性质的射线：α辐射是另一种元素氦的原子核；β射线是高速运动的电子流；γ射线是一种波长极短的电磁波。这些重大科学发现粉碎了一直被认为是“不可分割”的原子，剥去了原子的“外壳”，有力地证实了原子内部存在着复杂的结构，它根本不是物质的“最小砖块”。这有效地否定了原子理论被视为“终极理论”的形而上学观点。
从逻辑上讲，新的科学发现应该受到热烈欢迎。然而，那些被形而上学的“终极理论”思想僵化的人无法理解科学土壤中萌芽的新芽。相反，他们认为他们是“不可理解的”怪物。
起初，他们试图解释一系列科学发现。然而，他们使用的几乎所有武器都是从旧原子理论的武库中找到的。当然，将新的科学发现与旧理论联系起来是徒劳的。因此，他们感到苦恼、困惑、徘徊，甚至对科学失去信心。著名物理学家洛伦兹感叹道：
“今天，许多人提出的观点与他们昨天所说的完全相反。在这样一个时代，真理没有标准，他们也不知道什么是科学。我很遗憾五年前当这些矛盾出现时我没有死。
著名科学家波尔兹曼甚至走上了自杀之路。这是形而上学“终极论”造成的悲剧。这时，唯心主义趁机利用一些科学家混乱的思想兜售他们的主观唯心主义。他们把一系列科学发现歪曲为“物质的消失”、“物理学的毁灭”，把物理学的发展歪曲为“现代物理学的危机”。某些科学家指出，就物理学本身而言，根本不存在危机因素的问题，而是革命和进步的问题。